Il borgo rurale di Bagno di Varano è situato sulla riva meridionale della laguna. Consta di poche case addossate alle rive della laguna. Per raggiungerlo bisogna percorrere una pittoresca strada che parte dal centro urbano di Cagnano Varano e scende tortuosa verso la laguna. Il borgo è sorto in relazione all’attività di pesca, ma negli ultimi anni ha visto la crescita di attività escursionistiche legate all’uso di canoe e delle tradizionali imbarcazioni (sandali). Nei dintorni si possono anche visitare le tombe facenti parte di una necropoli dell’età del ferro. Con le canoe e i sandali è inoltre possibile raggiungere la località Pannoni, dove si trovano grotte artificiali e naturali utilizzate come ricovero per attrezzi dai pescatori.

Le grotte sono scavate in una alta parete rocciosa. Un tempo al posto della laguna era presente un ampio seno marino e secondo alcuni studiosi in questo sito era presente un antico porto naturale usato anche in epoca romana. Negli anni la costa di Pannoni è divenuta luogo di grande importanza per i pescatori che immergevano le marotte (tipo di gabbia), nelle quali venivano poste ad ingrassare le anguille fino a Natale. Dai Bagni di Varano, si inerpica un sentiero che consente di raggiungere, dopo un breve percorso, la grotta di S. Michele Arcangelo (vedi scheda specifica), luogo sacro che, per molti aspetti presenta numerose analogie con l’omonima grotta posta Monte Sant’Angelo.