Il Vallone Malpasso si caratterizza con l’essere uno dei più aspri e incisi valloni carsici che segnano il Gargano. Si colloca nel sistema di valloni che si originano dalle pendici di Monte degli Angeli, un sistema complesso di numerosi valloni paralleli. Si apre sulla piana di Manfredonia con una strettissima apertura che testimonia di una geologia molto attiva. Ad es. allo sbocco sulla sx è presente una recente frana dovuta al distacco di un grande blocco roccioso dalla parete, la frana è evidenziata dal colore rossiccio della zona di distacco.

Anche la parte iniziale del vallone è segnata da grandi franate di giganteschi massi sovrapposti che permettono di proseguire solo per poche centinaia di metri. Comunemente ad altre zone del Gargano, ritrovamenti archeologici testimoniano la presenza di insediamenti umani già da tempi antichissimi. Il fondo è occupato da una fitta vegetazione di macchia mediterranea quasi inestricabile in alcuni punti. Nella stagione più umida le pareti sono solcati da rivoli di acqua superficiale.

Le ripide pareti a picco ospitano una numerosissima la flora rupicola con estese stazioni di Scabbiosa di Dallaporta, più rara la Campanula garganica. Queste particolari condizioni offrono l’ideale ambiente per la nidificazione dei rapaci che prediligono i ripidi costoni rocciosi per la deposizione delle uova.