La Valle di San Giovanni è situata a sud del centro abitato di Cagnano Varano. Con i sui 200 m circa di incisione, rappresenta la Valle più imponente e spettacolare, presente lungo il versante settentrionale del Gargano. Scriveva nel 1807 Padre M. Manicone nella sua “Fisica Appula”: <>. Questo straordinario paesaggio così descritto dal Manicone, si snoda per circa 3 km, lungo la direttrice Nord-Sud del promontorio garganico, per attenuarsi e biforcarsi in contrada Grinavecchia (Romingero). Un ramo prosegue per Valle dei Fedeli, mentre l’altro prosegue per Valle del Mascione.

L’origine della Valle è legata ai fenomeni carsici e tettonici che hanno interessato e continuano ad interessare il territorio garganico. Il fondo valle porta i segni della presenza di depositi detritici sabbioso-ciottolosi di origine fluviale, a ricordare come la Valle in un passato geologico era solcata dalle acque di un fiume che sfociava nella laguna di Varano. Dal punto di vista naturalistico la valle, è un vero gioiello botanico, infatti lungo gli imponenti strapiombi esposti a sud, che caratterizzano il primo tratto, crescono alcune delle specie vegetali endemiche del Gargano come: l’Aubrezia di Colonna (Aubretia columnae subsp. Italica), l’Enula candida (Inula verbascifolia), e la rara Campanula del Gargano (Campanula garganica) e numerose specie di orchidee (Orchis italica, O. quadripunctata, O. morio, Ophrys tenthredinifera, O. bombyliflora, Aceras anthropophorum).

Negli anfratti delle imponenti rupi nidificano il Gheppio (Falco tinnunculus), la Poiana (Buteo buteo) ed il Barbagianni (Tyto alba). La Valle ospita alcune coppie dell’imponente Corvo imperiale (Corvus corax). Tra i rettili sono presenti il Cervone (Elaphe quatuorlineata), il Biacco (Hierophis viridiflavus var. carbonarius) il Saettone (Zamenis longissima), e la Vipera (Vipera aspis francisciredi). La Valle, con la sua profonda incisione, conserva i segni e le testimonianze della storia. Uno dei segni più antichi e misteriosi, sono la presenza di graffiti chiaramente leggibili sulla parete della grotta Tommasone. Graffiti, il cui significato non è del tutto chiaro, anche se, per alcuni studiosi questi sarebbero, i segni caratteristici delle prime manifestazioni “spirituali” dell’uomo del Paleolitico Superiore. La Grotta, formata da due cavità con le aperture rivolte a sud, è situata sul versante occidentale della Valle, a ridosso del poggio di Sant’Elia, nel punto d’ingresso dove la profonda incisione tende ad aprirsi.

Con la diffusione del culto di San Michele s’intensificano i collegamenti tra le coste settentrionali del Gargano e la via sacra che dalla pianura di Capitanata portava a Monte Sant’Angelo. Un antico percorso che i pellegrini provenienti dalle coste settentrionali del Gargano utilizzavano per raggiungere i luoghi della fede di Monte Sant’Angelo e del Monastero di San Matteo, era un’antica mulattiera che da Cagnano seguiva il Vallone di San Giovanni, per biforcarsi in contrada Grinavecchia (Romingero). Un ramo proseguiva per Valle dei Fedeli e dirigersi verso San Giovanni Rotondo ed il Monastero di San Matteo, mentre l’altra diramazione proseguiva per Valle del Mascione e con varie diramazioni scendeva verso il lago di Sant’Egidio, raggiungendo il vallone della Fratta, e l’antica strada per Monte S. Angelo.