Se sotto l’aspetto del paesaggio può essere corretto definire questa lunga incisione carsica “Valle”, per la geologia, invece, l’incisione di Valle Carbonara rappresenta uno dei più importanti fenomeni Tettonici visibili sul Gargano. Soggetto alle grandi forze prodotte dallo spostamento delle placche continentali, il Gargano ha reagito innalzandosi e fratturandosi, l’effetto più evidente è la frattura di Valle Carbonara, o tecnicamente Faglia. Questa Faglia è conosciuta anche come: faglia di Valle Carbonara; faglia Sud-Garganica; Gargano Fault, allineamento S. Marco in Lamis-Monte S. Angelo; linea di Gondola in offshore.

Una grande valle con andamento est-ovest che taglia letteralmente in due il Gargano è lunga circa 40-45 km. Per la sua posizione e la facilità di accesso è da sempre stata utilizzata come via d’accesso principale per il promontorio. Lungo di essa si snoda la famosa Via Sacra Longobardorum (vedi scheda). Inizia in territorio di San Marco in Lamis dove rappresenta l’unica è più facile porta d’accesso presente lungo il bastione calcareo del promontorio. Questo tratto iniziale della valle viene chiamato Vallone di Stignano, prosegue poi nel territorio di S. Giovanni Rotondo, Monte S. Angelo e chiude il suo percorso in mare nella piana di Mattinata.

Un paesaggio sempre vario, il tratto iniziale è ampio e occupata da coltivazioni, nel tratto centrale, invece, la valle è caratterizzata da terrazzamenti sui fianchi e utilizzata soprattutto per il pascolo, nel tratto finale è chiusa da pareti vertiginose per poi allargarsi nella piana di Mattinata, ricoperta da oliveti; a picco sul vallone si trova il centro storico di Monte S.Angelo. La valle è percorsa da una strada asfaltata facilmente percorribile sino all’innesto per l’abitato di Monte S.Angelo, poi si trasforma in un tratto aspro e selvaggio mancante di strade e caratterizzato da ripide pareti rocciose. Boschi diversificati caratterizzano la valle anche in funzione dell’esposizione. Nel versante esposto a sud, più caldo e arido, vegeta principalmente la Lecceta, mentre nel versante esposto a nord si trovano formazioni più mesofite con Cerro, Acero, e boschi di Castagno. Uno straordinario spaccato, della diversità paesaggistica del Gargano.