Il borgo di Siponto è situato lungo la costa tra il centro urbano di Manfredonia e la foce del Candelaro. Nato nella seconda metà degli anni Trenta, del secolo scorso, con la bonifica delle paludi sipontine e la formazione di campi coltivabili, deve la sua origine ad un primo nucleo urbano sorto a partire dalla zona rocciosa posta a nord della Basilica di S. Maria Maggiore. Il borgo è cresciuto negli anni soprattutto in funzione dell’attività turistico-balneare, grazie alla vicinanza con il centro urbano e al vasto arenile sabbioso.

Ma la nascita del borgo di Siponto rappresenta solo la più recente forma di insediamento umano. Nei dintorni di Siponto si rinvengono numerose testimonianze di frequentazione di epoca neolitica con una ricca rete di villaggi trincerati del Neolitico, da cui provengono alcune delle famose stele Daune. Siponto è poi stata un’importante insediamento in epoca romana, con un imponente porto dal quale salpavano le navi cariche di cereali e approdavano imponenti carichi provenienti dall’oriente. Il costante bradisismo, la diffusione della malaria e gli effetti di eventi sismici hanno in seguito portato all’abbandono, al declino e in buona parte alla scomparsa dell’antica città.

A testimonianza di quell’epoca rimangono la Basilica di S. Maria Maggiore di Siponto, con la pregevole sottostante cripta, la basilica paleocristiana, i resti delle mura di cinta dell’antica città, gli ipogei di Scoppa e Capparelli, testimonianze che nell’insieme vanno costituire il Parco Archeologico di Siponto. Oggi Siponto si presenta come una piacevole cittadina, con ville e abitazioni costruite tra il ricco sistema di canali e il verde della pineta costiera. Sono presenti tutti i servizi essenziali. Nella frazione insiste anche il Museo etnografico Sipontino del Centro Studi Pugliese, che conserva una interessante selezione delle voci dialettali pugliesi, incise su nastro, con racconti di aneddoti di vita quotidiana, testimoniata anche da attrezzi e oggetti delle arti e mestieri dei primi del ‘900.