Il sito è localizzato su una piccola penisola della riva occidentale della laguna di Varano. In questi luoghi è documentata la presenza benedettina, con il suo monastero dell’XI secolo, un tempo abitato dai monaci impegnati nella preghiera, nel dissodamento dei campi coltivati a vigneti e nella pesca di anguille e di cefali, le cui uova si prestavano per la preparazione della bottarga (il caviale). Negli anni del primo conflitto mondiale San Nicola è diventato un importante base militare di idrovolanti. A tale scopo, furono costruiti edifici per la sistemazione del personale militare, capannoni e officine per il ricovero e la manutenzione degli aeroplani. Oggi tali edifici sono abbandonati e versano in uno stato di degrado e di completo abbandono. In uno questi è appunto inglobato il vecchio monastero benedettino, per lungo tempo dipendenza di Kàlena e di Tremiti.