La chiesa di S. Nicola al pantano fa parte degli eremi, conventi e cenobi posti lungo la via Sacra dei Longobardi e precisamente ad un paio di chilometri da San Giovanni Rotondo a ridosso della vasta conca carsica di Sant’Egidio. Essa è situata poco distante dalle rovine del Casale di S. Egidio al pantano (circa 5 km.) al limite orientale della conca di S. Egidio in prossimità dell’imbocco di Valle della Fratta. La chiesa è citata la prima volta in una bolla papale di Alessandro III del gennaio 1169. Nel periodo Angioino (1266-1435) la chiesa fu assegnata al vicino Casale di Sant’Egidio. Il suo destino è in parte legato a quello del casale, quando a partire dal periodo Angioino questo viene progressivamente abbandonato a causa delle continue scorrerie e dei disordini sociali. Oggi del vecchio impianto del restano pochi ruderi segnalati da un cartello.