Il casale di Sant’Egidio fa parte degli eremi, conventi e cenobi posti lungo la via Sacra dei Longobardi e precisamente ad un paio di chilometri da San Giovanni Rotondo a ridosso della vasta conca carsica di Sant’Egidio. La sua importanza storica è stata notevolissima basti pensare che San Giovanili Rotondo nel suo stemma comunale riporta l’antica effige del Casale di Sant’ Egidio. Alcuni reperti ritrovati in quest’area testimoniano una presenza dell’uomo sin dal paleolitico, anche in relazione alla presenza del vasto lago che riempiva la conca carsica omonima. Lo specchio d’acqua era esteso su circa 120 ettari e le sue acque raggiungevano gli otto metri di profondità. Nel secondo millennio avanti Cristo l’area venne popolata dai Dauni.

Lo sviluppo della vicina città di San Giovanni Rotondo portò nei secoli successivi all’abbandono del sito di Sant’Egidio. Il sito riprese però ad essere frequentato ed abitato nell’Alto Medioevo, quando diventò un importante tappa per viandanti e pellegrini diretti alla grotta dell’Arcangelo Michele. In epoca normanna, tra il IX e X secolo, i monaci benedettini di Cava dei Tirreni si insediarono nel casale di Sant’Egidio edificandovi anche una chiesa dedicata a qual Santo. Negli anni dal 1111 al marzo 1115, sotto la guida del priore Samaro il sito ebbe prosperità e sicurezza consolidando l’abitato che si trasforma in un vero e proprio centro di vita monastica. Nel 1221, in un documento di Federico II di Svevia si trova notizia del casale di Sant’Egidio, che risulta abitato da 240 persone, dato che colloca il casale tra i centri più popolosi del Gargano dell’epoca. Proprio in questo periodo Federico II la muniva la vicina città di San Giovanni Rotondo di ben 15 torri, di solide mura, di un fossato lungo e profondo che tutta la circondava.

Del periodo Angioino (1266-1435), è invece un documento che assegna al Casale di Sant’Egidio la chiesa di San Nicola di Pantano, situata ad Est dei Casale stesso e a non più di un paio di chilometri di distanza, chiesa già citata in una bolla papale di Alessandro III del gennaio 1169. Ma proprio in questo periodo, insorgono una serie di disordini sociali che portano gli abitanti del casale a trasferirsi in luoghi più sicuri e tra questi la vicina città. Sempre meno redditizio l’intero Casale di Sant’Egidio viene ceduto in affitto, nel 1304, con uomini e cose, al nobile Manfredi Malecta.

In epoca Aragonese il Casale risulta ormai abitato solo da religiosi dediti alla coltivazione della terra e alla pesca nel lago. Nel 1726 il casale veniva ceduto a don Cario Oneri Cavaniglia, duca di San Giovanni Rotondo. Il due agosto 1806 viene emanata la legge che aboliva la feudalità in tutto il regno di Napoli e il demanio di Sant’Egidio, in parte già occupato abusivamente da privati cittadini, viene quotizzato. Ne l 1910, per contrastare le febbri malariche il lago di Sant’Egidio viene prosciugato e le terre gradualmente bonificate. Attualmente del Casale restano alcune tracce dell’antico abitato e le mura dell’antica Chiesa diroccata.

Quest’ultima fu un tempo fra i monumenti più rappresentativi dell’arte e dell’architettura sacra del Medioevo. Originariamente la chiesa era a pianta basilicale, ad una sola navata, con una lunghezza di 28 m. Preziosi affreschi arricchivano i muri perimetrali. Di questi oggi restano solo alcuni frammenti nella parte absidale della chiesa. La chiesa è stata più volte restaurata ed restata aperta al culto fino alla fine del XIX secolo. Da San Giovanni Rotondo i fedeli vi si recavano durante le feste pasquali e per celebrare i sacri riti e per sciogliere superstizioni e voti. In particolare era abitudine delle zitelle sangiovannesi, recarsi in pellegrinaggio privato percorrendo a piedi nudi quasi tre chilometri di strada polverosa e piena di pietre e, una volta giunte, deponevano i loro calzari dietro l’altare maggiore della Chiesa.