L’area a sud di Manfredonia appare di particolare importanza per le testimonianze della frequentazione da parte dell’uomo sin dal neolitico. E’ la presenza delle lagune e dei corsi d’acqua la chiave interpretativa di questi insediamenti. Fonti di epoca romana descrivono una vasta laguna navigabile che collegava tra loro diversi centri della Daunia. Uno dei siti di maggiore interesse è Siponto, oggi frazione del comune di Manfredonia, situata nell’area dell’antica città Dauna di cui porta il nome.

Causa del declino della città furono alcuni fenomeni di bradisismo che nel Medioevo provocarono l’interramento del porto, motore economico del centro per l’importanza rivestita per il commercio del grano con la Grecia e l’Oriente. Oggi Siponto è un centro agricolo e balneare, sviluppatosi nel dopoguerra, successivamente agli interventi di bonifica. Nell’area si trova la romanica Basilica di Santa Maria Maggiore (secoli XII – XIII), che in epoca paleocristiana e bizantina fu uno dei principali centri vescovili della Puglia. Nella sua architettura si fondono elementi occidentali e orientali che rivelano la complessa cultura dell’epoca.

L’edificio sacro a pianta quadrata sembra costituito da due chiese indipendenti, di cui una emergente con un portale monumentale databile al Medioevo e l’altra, interrata, costruita successivamente. Quest’ultima presenta campate regolari coperte da volte a vela sostenute da colonnine di spoglio della Basilica paleocristiana i cui resti sono visitabili nell’area adiacente alla Basilica principale. Un tempo la Chiesa ospitava anche una icona bizantina e una statuetta lignea chiamata “Madonna dagli occhi sbarrati” custodite oggi nella Cattedrale di Manfredonia. Nelle adiacenze della Basilica di Santa Maria Maggiore si possono osservare i resti della Siponto romana. Come tutte le colonie romane Siponto aveva funzione di difesa marittima.

Le mura difensive avevano un percorso che seguiva l’andamento del banco roccioso prospiciente la laguna e comprenevano al loro interno una superficie alquanto ridotta. Di tali mura sono visibili alcune emergenze inglobate nella Masseria Garzia e altre portate alla luce a ridosso della S.S. 159. Nella zona adiacente la Basilica furono portati alla luce nel 1935, i resti, oggi visitabili, del complesso paleocristiano tre navate con abside e un lembo di mosaico con tessere bianche e nere. E qui che secondo la tradizione l’Arcangelo Michele apparve al vescovo Lorenzo Maiorano, suggerendogli la costruzione del santuario-grotta presente a Monte Sant’Angelo. Nei pressi della Basilica sono visitabili oltre ai resti di mura, alcuni scavi degli edifici di Siponto, i resti di un anfiteatro, inglobati in edifici rurali. Nella Siponto moderna sono invece visitabili alcuni ipogei. Gli ipogei Scoppa sono situati nei pressi della pineta posta nel centro balneare e quello di Santa Maria Regina nei pressi della chiesa del centro urbano. Un centro visita è a disposizione dei visitatori per garantire una visita adeguatamente supportata.