Il museo è situato nel santuario di S. Michele Arcangelo nel centro storico di Monte Sant’Angelo. In quattro sale sono raccolti reperti archeologici del secolo VI-IV a.C., oggetti devozionali della storia del Santuario (paramenti sacri, ostensori dal ‘900 ad oggi e calici), molti oggetti legati al culto di San Michele, tra cui una raccolta di ex voto dei primi del ‘900; nella quarta sala è esposta una raccolta di icone della Vergine, di San Michele e dei Santi, tra cui un’antica icona di San Michele realizzata in rame dorata probabilmente risalente all’epoca longobarda (VIII-IX secolo).

L’itinerario si conclude con la visita alle cripte di epoca longobarda, dove alle pareti troviamo numerose iscrizioni oltre a reperti lapidei datati tra il VI e il XV secolo.