Peschici conta alcuni musei ed esposizioni di recente acquisizione. Solo da pochi anni sono accessibili al pubblico le Segrete del Castello di Peschici. Si tratta di sotterranei della roccaforte denominata “Castello” sita in cima alla Rupe, a strapiombo sul mare, su cui sorge Peschici. I sotterranei che furono depositi di granaglie e carceri del conte Goffredo di Lesina (1177), dei conti di Gravina (1320), dei Regina e don Ferrante di Sangro (1570), dei Turbolo e dei Pinto (1674), oggi ospitano esposizioni temporanee di artisti locali e internazionali. Nelle segrete oggi restaurate sede un museo che espone antichi attrezzi usati da vari artigiani ed anche legati al lavoro domestico. Dal 2008 si possono osservare anche strumenti di tortura usati nei secoli passati.

Dall’Agosto del 2005 è inoltre operante il Museo della selce che ospita i manufatti litici in selce (lavorati e semilavorati) estratti nella stazione-officina campignana di Valle Sbernia, localita` a sud della cittadina e alcuni reperti provenienti dagli scavi realizzati presso la Grotta di Manaccora,. Il museo affonda la sua origine nella notevole concentrazione, nel promontorio garganico, dei piu` antichi complessi litici riferibili a una fase arcaica del Paleolitico inferiore italiano. Le industrie estrattive della selce (contenuta negli arnioni di calcare) ben documentano la capacita` di dosare il calore del fuoco necessario a far distaccare la selce dal calcare. Manufatti su ciottolo ritrovati nella Foresta Umbra sono documentati nel locale Museo della Foresta Umbra, con datazioni risalenti a oltre 32.000 anni a.C.

La passione per i musei ha coinvolto anche i giovani in questa cittadina, tanto che da alcuni anni due ragazzi hanno dato vita al Museo dei Nonni. Questi hanno raccolto in un locale di loro proprietà tutti gli oggetti che appartenevano agli anziani del paese. Si tratta di oggetti concessi spontaneamente dagli anziani del paese. Tra questi oggetti libri, oggetti per lavori domestici come il fuso o le brocche, pentole, vecchi oggetti militari, oggetti per la cura dei campi, pizzi e tessuti tradizionali.