Indicato con il codice 1150* l’habitat d’interesse comunitario “Lagune costiere“ è dichiarato prioritario per la conservazione dalla UE. Questo dato già ne indica il valore e l’importanza conservazionistica e scientifica. Si tratta di zone umide ubicate lungo la fascia costiera caratterizzate da acque lentiche, salate o salmastre, poco profonde, caratterizzate da notevole variazioni stagionali in salinità e in profondità, in relazione agli apporti idrici (acque marine o continentali), alla piovosità e alla temperatura che condiziona l’evaporazione. Sono sempre in contatto diretto o indiretto con il mare, dal quale sono in genere separati da cordoni di sabbie o argille e meno frequentemente da coste basse rocciose.

E’ il caso delle lagune di Lesina e Varano, che anche se di genesi diversa, sono ambedue separate dal mare da cordoni dannali e con questo collegate con foci, oggi più o meno artificiali. Lesina deve la sua origine, dalla chiusura di un grande seno marino, attraverso i sedimenti che, i fiumi, sopratutto il Fortore, trasportavano e che le correnti marine depositavano sino alla formazione di una stretta lingua di terra che ha separato la laguna dal mare; Varano presenta una genesi diversa, in quanto deriva, dalla separazione dal mare di un ampio golfo roccioso, ad opera sempre dei sedimenti trasportati in loco dalle correnti marine. Si tratta di due tra le più grandi lagune d’Italia, Lesina è il nono bacino d’Italia per estensione, 5200 ha Varano è leggermente più piccola.

Sono ambienti ad alta produttivà biologica e ricchezza in biodiversità. Intendendo con questo produttività la quantità di biomassa che l’ambiente è in grado di produrre. Alla base di questa capacità è la quantità di sostanza inorganica presente nelle acque che viene poi trasformata dai vegetali in sostanza organica, mediante la fotosintesi clorofilliana. Nelle zone umide questa funzione è esercitata oltre che dalle piante superiori, anche e sopratutto da microscopiche alghe (fitoplancton), che vivono negli specchi d’acqua, rendendoli pullulanti di vita.

La fotosintesi è svolta anche da altri macroscopici vegetali acquatici come le alghe (Enteromorpha ssp., Cladophora ssp, Chara foetida) e piante superiori come Zoostera ssp, Zanichellia palustris, Lemna ssp, molto abbondanti nelle acque delle lagune. Importantissimi ambienti per la conservazione dell’avifauna nidificante e migratoria. Le praterie sommerse di queste specie sono importantissime per il funzionamento della lagune, come produttori di ossigeno e come ambienti di vita per molte specie di pesci e altri organismi acquatici alla base delle catene trofiche. Tra le specie di uccelli nidificanti si ricorda l’Airone rosso (Ardea purpurea), il Fraticello (Sterna sandvicensis), il Cavaliere d’Italia (Himantopus himantopus), la Cannaiola (Acrocephalus scirpaceus), lo Svasso maggiore (Podiceps cristatus ) oltre ad alcune specie di anatidi.

A Lesina importanti elementi di diversificazione ambientale sono le foci fossili di cauto e Sant’Andrea, mentre a Varano la Palude di Muschiaturo. Numerose le attività antropiche produttive legate alla lagune, in passato la pesca, oggi anche forme di allevamento di mitili, pesci, vongole. Tali forme di allevamento quando condotte in forma intensiva possono produrre problemi a questi ambienti estremamente fragili. In relazione ad una serie di fattori ecologici quali: salinità e profondità delle acque, variazioni stagionali della salinità e della profondità, natura dei substrati, temperatura, le lagune costiere sono interessate da una diversificata vegetazione caratterizzata da varie fitocenosi.