La chiesa-grotta di S. Michele a Cagnano Varano si trova a breve distanza (circa 900 m) dalla riva meridionale della laguna. La sua posizione è su un rilievo più elevato di circa 100 m. rispetto alla riva della laguna. La grotta affaccia sulla Valle dell’Angelo che capta le acque che scendono da Monte Lo Sfrizzo. Il sito è ricavato in una cavità naturale di origine carsica lunga circa 50 m. e larga dai 6 ai 15 m. Il rinvenimento di strumenti litici e altri manufatti del neolitico e del periodo classico attestano una frequentazione del sito da tempi remoti. Al periodo medioevale risalgono invece graffiti e altre testimonianze storiche, epoca nella quale la grotta fu adibita al culto micaelico. Si accede alla grotta mediante un cancello.

All’interno la natura carsica del sito è messa in evidenza dalla presenza di stalattiti. L’intervento dell’uomo consta in una pavimentazione in pietra, un altare maggiore sovrastato da un’urna marmorea e la statua dell’Arcangelo. Quest’ultima appare come la , copia esatta di quella del più famoso santuario di Monte Sant’Angelo. Nella parte posteriore dell’altare si trova una fonte, la cui presenza ha alimentato l’ipotesi di una frequentazione cultuale precristiana. Le pareti sono arricchite da pitture parietali bizantineggianti. La naturalezza del luogo, il fascino e la suggestione dei segni della frequentazione dell’uomo fanno di questo sito una meta di grande interesse per il visitatore. Dalla grotta di S. Michele si può accedere ad un vasto ambiente caratterizzato da coltivi abbandonati ed oggi usati prevalentemente per il pascolo. Da questa posizione dominante si gode una splendida visione della laguna. Poco distate sulla riva si trova la località Bagni (vedi schede specifiche).