Le Fantine di Bosco Isola sono situate al centro del Tombolo-Cordone Dunoso, conosciuto dai locali come Bosco Isola che separa la laguna di Lesina dal mare Adriatico a circa 3 m s. l. m., sul lato laguna. Le Fantine costituiscono un complesso acquitrinoso dulciaquicolo dalla forma per lo più allungata e dalle dimensioni molto variabili, la più grande ha dimensioni di 290×50 ed una profondità di circa1.70 mt.

Dal punto di vista idrobiologico sono degli stagni temporanei retrodunali, dove durante la stagione estiva l’acqua si riduce notevolmente fino a prosciugare, per cui sono caratterizzati dalla presenza di una fauna e flora adattata a superare questa condizione. L’alimentazione di queste pozze d’acqua dolce è legata essenzialmente alle precipitazioni atmosferiche ed in misura minore alla falda freatica.

La flora è costituita da associazioni vegetali tipiche di un ambiente dulciacquicolo: Schoenoplectus lacustris, Cladium mariscus, Phragmites australis, Thypha angustiflora e Juncus compressus. L’idrofauna (vertebrata ed invertebrata) è molto ricca di specie. Molto suggestiva è la presenza in queste acque calme dell’invertebrato Hydra viridis, piccolo polipo d’acqua dolce della lunghezza massima di 2 cm dalla grande capacità di rigenerazione. Sono presenti inoltre la testuggine palustris (Emys orbicularis), la raganella (Hyla intermedia), il rospo smeraldino (Pseudepidalea viridis) ed il Tritone italico (Lissotriton italicus).