Il Castello è uno dei monumenti più antichi della città di Manfredonia. Situato sul mare, venne costruito a difesa della città. In origine il Castello si trovava in posizione esterna alla città, collegato tuttavia ad un angolo della cinta muraria a sviluppo rettangolare. Il castello è costituito da un nucleo centrale quadrilatero con quattro torri angolari di cui tre sono cilindriche ed una quadrata. All’interno ha un cortile centrale cui si affacciano gli ambienti disposti sui due lati Sud e Nord.

Gli altri due, rivolti ad Est ed Ovest, sono chiusi da muraglie nelle quali si aprono le porte di comunicazione verso l’esterno. Alla sommità di queste muraglie sono ricavati i camminamenti per l’accesso agli ultimi piani delle torri. Questo complesso costituisce la parte più antica del castello e fu eretta da Manfredi nel 1256 allorchè questi pose mano alla fondazione di una nuova città, che da lui prese il nome, per ospitarvi gli scampati dalla distruzione Sipontina, causata dal terremoto del 1233. Gran parte della costruzione è stata affidata a mastro Giordano da Montesantangelo. Gli Angioini più tardi cinsero il nucleo più antico con una bastonatura esterna quadrangolare munita di torri cilindriche agli spigoli. Nel 1273 Carlo I d’Angiò fece costruire una nuova fortificazione interna, parallela alla prima, per l’accesso ai bastioni mediante una rampa. Un profondo fossato isolò dai quattro lati il castello cui si accedeva tramite un ponte levatoio. Il Castello ospitò carceri, ed officine cui si accedeva da una scala situata presso l’ingresso del Mastio.

In seguito all’assedio del maresciallo Lautrec del 1528, i Francesi costruirono in puntone pentagonale dell’Annunziata o dell’Avanzata, rivolto ad ovest verso l’abitato, probabilmente al posto di una torre angioina forse distrutta da essi durante l’assedio. I motivi di tale intervento sono da imputare all’accresciuta potenza delle armi da fuoco, ma anche alla necessità di offrire al castello una idonea difesa contro ipotetici attacchi dalla città occupata dai nemici. In epoca borbonica il Castello passò dal regio demanio in dotazione dell’Orfanotrofio Militare di Napoli, che vi fece apportare numerose modifiche per adattarvi delle abitazioni onde ricavarne le rendite necessarie per l’Istituto. Dal 1901, anno di acquisto del Castello da parte del Comune di Manfredonia, fino agli anni ’60 il Castello segue una serie di manomissioni ed impropi restauri, nel 1968 lo donò allo Stato che ne fece un Museo Archeologico. Il Museo contiene reperti provenienti dall’antica Siponto, nonché le famose stele daune, simboli sepolcrali testimoni della civiltà dauna tra il VII e l’VIII secolo a.C.