Subito dopo il complesso dell’Abbazia, e dopo la caratteristica “Tagliata” c’è buona presenza di tracce di frequentazione che sono da attribuire al periodo intercorso tra l’età del ferro ad epoca alto-medievale. Tra queste da segnalare un nucleo di tombe a fossa rettangolare scavata nella roccia di vario orientamento, lunghezza e profondità, riferibili ad Età classica o ellenistica, una cisterna detta comunemente “vasca di San Nicola” con alzato in muratura a blocchetti di costruzione post-antica ed un bacino di raccolta idrica rettangolare, parzialmente scavato nella roccia, con alzato in opera cementizia rivestita in opus incertum. Un muretto in opera cementizia, posizionato obliquamente rispetto al bacino, collegava questo con la cisterna.

La tecnica costruttiva ci consente di datare il bacino alla stessa epoca della domus. Forse alla stessa fase risalgono due tombe a grotticella con dromos di accesso, una delle quali viene impropriamente chiamata Tomba di Diomede. La presenza di fori cilindrici notati su alcune rocce calcaree nel cuore dell’Isola fanno pensare a strutture abitative risalenti al I millennio a.C., così come le ceramiche rinvenute sembrano rimandare all’Età del Ferro (XIX-VII sec. a.C.). Nel ripiano più alto dell’isola di S. Nicola è scavato un criptoportico a doppia L che reggeva l’alzato del lato minore di una domus; lungo 24,5 m e largo 2,35 m, coperto in origine da volta a botte alta all’intradosso 2,77 m; immette in due ambienti rettangolari perpendicolari e, al centro, in un altro ambiente isoorientato; all’angolo, due vaschette intercomunicanti rivestite di intonaco idraulico. I muri sono costruiti in opera cementizia rivestita in opus incertum di ottima fattura; il pavimento è in cocciopesto.

Del piano nobile della domus non si conosce nulla, tranne il fatto che doveva essere abbellita da porticati, cui appartenevano i frammenti di colonnine laterizie reimpiegate nel muro a secco dell’abitazione settecentesca che si è sovrapposta alla domus. Si è proposta per questa costruzione una datazione appartenente al I sec. a.C.. Nel 1990, mentre si ristrutturava la palazzina ottocentesca destinata alla nuova sede comunale, sono venuti alla luce frammenti di un pavimento a mosaico a piccole tessere calcaree nere, diviso a metà da due file di tessere calcaree bianche.

Altre tessere bianche sono inserite disordinatamente nel tappeto del mosaico senza formare alcuna figura geometrica. La tecnica (scutulatum pavimentum) era tecnica diffusa nel I sec. a.C.. Documenti emersi durante i recenti lavori di restauro della Abbazia di Santa Maria a Mare sembrano attestare l’esistenza nella prima età imperiale di una villa (sarebbe suggestivo che questa fosse la villa in cui risedette Giulia, figlia adottiva dell’imperatore Augusto, quando venne espulsa da Roma e fino alla sua morte. Inoltre, tra il 1955 e il 1996, in prossimità del porto di S. Nicola, è stato scoperto un piccolo complesso composto da ambienti ipogei intercomunicanti in cui erano alloggiate, in appositi scomparti ricavati nel banco roccioso, delle anfore da trasporto. Sono stati rinvenuti, inoltre, un ambiente in muratura quadrato, un muro ad andamento divergente, tre piani di cottura e infine una canaletta con vaschetta di decantazione. Il complesso può essere datato tra la seconda metà del I sec. a.C. e la prima metà del I sec. a.C..