Il Pantano di S. Egidio è uno dei bacini di pull-apart (polje) che si sviluppano lungo la faglia di Mattinata. Questo bacino, come gli altri della stessa origine, si è formato tra il Miocene ed il Pliocene, in seguito a movimenti tettonici che hanno interessato, ed ancora interessano i diversi blocchi in cui è diviso il Gargano.

Lo scorrere dei due blocchi lungo la faglia può causare degli stiramenti o dei veri e propi “strappi”. Questi strappi sono chiamati dai geologi pull-apart, si presentano in superficie come delle depressioni di dimensioni chilometriche. Il Pantano ha una forma ellittica, con asse maggiore lungo oltre 5 Km, e asse minore di circa 2 Km, ha ospitato in passato un lago, oggi totalmente prosciugato. Il lago era alimentato dalle acque piovane e da numerose piccole sorgenti carsiche, situate ai piedi del Monte Calvo, lungo le rive del lago.