La grotta Scaloria si apre a circa 45 m. s.l.m. nella immediata periferia Nord di Manfredonia, nei pressi dell’attuale Palazzetto dello Sport. La grotta fu scoperta nel 1932 in occasione della costruzione dell’acquedotto Manfredonia – M. S. Angelo. Nell’insieme si tratta di un sistema ipogeo che si sviluppa su una estensione di circa 700 m. ed è formato dalle due distinte cavità, Scaloria e Occhiopinto, collegate tra loro da un pungo passaggio. La grotta Occhiopinto si presenta come costituita da un grande ambiente con circa 50 m. di lunghezza attraverso il quale si accede ad un ambiente più piccolo che presenta una raccolta d’acqua.

La grotta Scaloria è formata da un ambiente lungo oltre 100 m. e largo quasi altrettanto attraverso il quale si accede ad un secondo ambiente di dimensioni simili nel quale si aprono vasche di raccolta dell’acqua all’interno delle quali sono stati trovati crostacei adattati alla vita cavernicola quali Typhlocaris e Speleaomysis bottazzii. Il sistema carsico presenta un notevole valore anche sotto il profilo archeologico. Nella primo camerone della grotta furono rinvenute, al momento della scoperta della cavità, ceramiche a bande rosse marginate, secondo lo stile per l’appunto chiamato della Scaloria Alta e sepolture risalenti al neolitico medio.

Questi reperti suggerivano un uso abitativo e di sepolcreto. Sempre nel primo ambiente fu rinvenuta una sepoltura collettiva formata da circa venticinque individui in prevalenza giovani donne, bambini ed anziani. Il significato di tale sepoltura collettiva appare incerta e sono state fatte diverse ipotesi, dalla morte per epidemia a quella della frequentazione del sito a scopo terapeutico o sacrificale. Con ulteriori indagini nella vicina grotta Occhiopinto si è osservato un lungo periodo di frequentazione che partendo dal Paleolitico (IX millennio a.C) arriva sino all’età del Bronzo. In seguito ad ulteriori esplorazioni nel 1967 alcuni speleologi del CAI scoprirono il secondo camerone della grotta Scaloria nella quale rinvennero numerose ceramiche in parte concrezionate poste a raccogliere lo stillicidio della volta attorno ad una vaschetta rettangolare scavata nella roccia. Tali reperti, insieme ai resti di fuochi ed ossa fecero pensare ad un suo rituale di questo ambiente ed in particolare ad un rito connesso all’acqua, forse in relazione a periodi di siccità.