Punta delle Pietre Nere si trova presso la foce del Canale Acquarotta; uno dei due canali che tiene in comunicazione la laguna di Lesina con il mare Adriatico. La particolarità delle rocce che affiorano in quest’area, è stata evidenziata sin dalla prima metà del 1800. Il toponimo punta delle Pietre Nere è dovuto al colore delle rocce affioranti, costituiti per la gran parte da rocce ignee di colore scuro, calcari nerastri e gessi, differenti tra loro per natura ed età. L’affioramento di rocce ignee è presente in tre punti fra loro poco distanti. I primi due affioramenti si trovano in prossimità del mare, sulla sponda ovest del canale e sul lato orientale della foce, mentre il terzo affioramento si trova lungo il canale, alcune centinaia di metri verso l’interno.

I calcari neri, compatti, sono intercalati a marne bituminose e calcari marnosi grigiastri, ben stratificati, risalenti al Triassico superiore. I gessi di colore variabile da bianco sporco a grigio scuro, affiorano per alcune centinaia di metri su entrambi i lati del canale Acquarotta. La presenza dei calcari neri, dei gessi e delle rocce igne di Punta delle Pietre Nere viene collegata a fenomeni di diapirismo.