L’antico abitato di San Marco in Lamis è situato in mezzo a due famosi santuari: il Convento di San Matteo (a 3 Km) e il Convento di Stignano (a 5 Km). La nascita e lo sviluppo della città s’intrecciano soprattutto con la storia del convento di San Matteo, posto sulla via Sacra dei Longobardi. L’abitato di San Marco in Lamis, sorge nella valle del torrente Jana, dove nella zona detta Padula o Padule iniziò presumibilmente il primitivo popolamento della zona. Molto probabilmente il nucleo oroginario della città si sia formato quando, intorno al IX secolo, per sfuggire ai Saraceni, piccoli gruppi di pastori trovarono rifugio e protezione tra le paludi della zona e nella vicina badia di San Matteo. Il primo atto ufficiale della presenza del piccolo centro abitato di San Marco de Lama (dal latino Lama, acquitrino) è un documento normanno del 1095 in cui viene riconosciuto come dipendenza feudale della potente badia.

Nei secoli successivi, le fonti non segnalano nulla di rilevante fino al 1559 quando ad opera dell’abate commendatario di San Giovanni in Lamis, Vincenzo Carafa sulla base di un precedente atto notarile vengono riconosciuti e concessi i diritti civili ai cittadini di San Marco. Altro merito storico da ascrivere ai Carafa è la cessione del convento ai Frati Minori nel 1578 con una convenzione approvata dal Papa Gregorio XIII. Il contemporaneo trasferimento della sede badiale dal convento a San Marco nel palazzo badiale (il Trono) oggi sede del Comune, pone le basi dell’autonomia del paese. La completa autonomia dal convento viene ottenuta nel 1782 quando viene dichiarato regio patronato. San Marco in Lamis diventa ufficialmente città grazie ad un regio diploma del 1793.

La parte più antica della città si trova nel fondo della valle nella zona detta Padula o Padule (palude) e presenta, come tutti i centri antichi, case basse, vicoli con la pavimentazione in pietra le chianche, mugnali, e brevi rampe di accesso alle case. Mirabile è la descrizione che ne ha fatto Riccardo Bacchelli nella sua novella Il brigante di Tacca del Lupo: “Come uno spaccato verde tra aridi colli, s’apriva, fresco d’alba, il vallone dove si stipa San Marco in Lamis, paese singolare per la distribuzione regolare delle strade ai lati della via maestra, onde le rosse, vivide file di tetti a due spioventi uguali, uguali anch’esse le case d’altezza e dimensione, si allineano e si spartiscono come un ammattonato a spina…” Palazzi e monumenti di rilievo storico-architettonico adiacenti al centro storico sono il Palazzo Badiale ora sede municipale e la Chiesa Matrice dal campanile maestoso.