Cagnano Varano è situato sul versante settentrionale del Gargano a circa 170 m s.l.m.a ed a circa 3 Km dalla laguna di Varano. Il nucleo originario è conosciuto dai suoi abitanti come “Lu Caut” è sicuramente anteriore all’anno mille. I primi documenti storici che attestano la presenza di un “Casales” costituito da un nucleo di popolazione agreste, risalgono al X secolo. Probabilmente nell’antico casale di Cagnano giunsero coloro che, vivevano lungo le coste del lago di Varano, che furono costrette ad abbandonarle, sia perché esse erano paludose e malsane sia per via delle invasioni barbariche che, le vecchie strade romane, resero i centri delle vicinanze troppo esposti ai saccheggi.

Tra il 1600 e il 1800 l’abitato di Cagnano, sebbene coincidesse ancora con Lu Caut, aveva già sviluppato i nuclei del Casale (Corso Umberto) e della cosiddetta via Media (Corso Roma). Il termine “Lu Caut” è per i Cagnanesi sinonimo di buco. La tipologia costruttiva del centro storico, risulterebbe essere di tipo mediterraneo arabeggiante. Le case, addossate le une alle altre, servivano da abitazione e da stalla; erano metà grotte e metà costruzione in pietra, saldate da pozzolana e calce. La logica della tessitura urbana corrispondeva a quella del deflusso delle acque. Tra una abitazione e l’altra si possono osservare spazi ristretti dell’ordine di 50-60 cm. L’antico centro storico Lu Caut si è sviluppato, lungo l’asse est-ovest. I due assi principali sono costituiti da via Cannesi (prima detta dei Cannesi) e da via Ospedale.

Entrambi originati da Largo Purgatorio su cui prospetta il Palazzo Baronale, e confluente verso est, su via Portella. Fino al 1800 l’abitato si è esteso lungo i Corsi Umberto (Casale) rivestito con basole, e Corso Roma (via Media) a ciottoli. Tra il’700 e il’900 si è sviluppato lungo Corso Giannone. Al centro storico si entrava attraverso 5 porte che si chiudevano e si aprivano per conferire maggiore sicurezza all’abitato. I palazzi architettonicamente più importanti presenti all’interno del Centro Storico erano Palazzo Baronale, la chiesa Matrice, i Palazzi Petruzzelli, Russi, Sansone, Tedeschi, Mendolicchio, Giornetti, Sebastiani, Curatolo e dell’Ospedale.

Addossate ai Palazzi erano situate le abitazioni della gran parte della comunità. Costituiti per lo più da monolocali, costituiti dal solo piano terra. A sud del Caut era presente il quartiere povero soprannominato “La Fica”, meno popoloso della parte più elevata della rocca. Nel centro storico Lu Caut erano presenti due piccole piazze: largo Purgatorio, antistante il Palazzo Baronale, e largo Chiesa, davanti a Santa Maria della Pietà. La prima svolgeva una funzione civile e la seconda religiosa, com’era nella concezione medievale. Inizialmente il suo nome era Cagnano, poi nel settembre 1862 fu proposto e approvato dal consiglio comunale presieduto dal sindaco don Gennaro De Monte, che a Cagnano fosse aggiunto Varano.